L'idea de realitzar, per primera vegada, una conferència global amb persones transsexuals, per persones transsexuals i per a les persones transsexuals té com objectiu final reunir i donar veu a un col·lectiu escassament representat a la societat, i escoltar per primera vegada, amb la participació de membres de tot l'orbe i de totes les cultures, una consideració global dels seus problemes, reivindicacions i propostes de solucions.

El Congrés té dos objectius principals:

- L'aprovació d'un document de base dirigit als Estats, Organitzacions Internacionals, Associacions i Organitzacions no Governamentals que serveixi de document de treball, línia d'orientació i document d'objectius en la implantació de polítiques legislatives i de tutela dels drets humans que s'han d'aplicar al col·lectiu de persones transsexuals. Aquest document, probablement anomenat "La Declaració de Barcelona" intentarà anar més enllà d'una simple declaració de principis (primer nivell) convertint-se en una proposta de desenvolupaments concrets de les Lleis dels Estats (segon nivell).

- La constitució d'una xarxa global d'identitat de gènere per a:

1.- La vigilància de l'aplicació de la declaració mateixa, i del compliment dels drets humans en la comunitat transgènere de tot el món.

2.- La creació d'una xarxa global d'intercanvi d'informació útil per a activistes, governs i organitzacions internacionals implicades en el desenvolupament efectiu dels drets humans.

3.- Ser un instrument d'intercanvi per a un millor exercici i formació d'activistes de tot el món.

Per a obtenir aquests objectius, s'ha establert un format que inclou no només les ponències i taules rodones de la pròpia Conferència, sinó la creació de 5 grups de treball que desenvoluparan uns temes molt concrets, i que elaboraran 5 documents temàtics que seran la base de la "Declaració de Barcelona".